Hace ya varias versiones que Parallels introdujo Postfix como MTA a escoger en Plesk. Existe la opción de cambiar uno por otro si lo deseamos.
Cambiar a Qmail
# /usr/local/psa/admin/sbin/autoinstaller
--select-release-current --install-component qmail
Cambiar a Postfix
# /usr/local/psa/admin/sbin/autoinstaller
--select-release-current --install-component postfix
Links
http://kb.parallels.com/5801
Perdiste la bandeja de entrada de los usuarios de tus dominios al hacer el cambio?
No, este cambio tiene que ser transparente.